സസ്യപഠനശാഖ ഭാഷാപഠനവുമായി ചേർന്നു നിലകൊണ്ട മധ്യകാലത്താണ് ബോട്ടണിയിൽ ധാരാളം പരിഷ്കാരങ്ങൾ വരുന്നത്. എ.ഡി 828 ൽ അന്തരിച്ച അൽ അസ്മാഇൻ്റെ (പ്രസിദ്ധമായ ‘കിതാബുന്നബാതി വൽ അശ്ജാറി’ൻ്റെ രചയിതാവാണ് ഇദ്ദേഹം) കാലം തൊട്ട് ചെടികളെ പറ്റി പഠിക്കുന്നതിനും അതിന്റെ വിവിധ ഭാഗങ്ങളെ രേഖപ്പെടുത്തുന്നതിനുമായി ഭാഷാ നിപുണർ ഉചിതമായ വ്യവസ്ഥകൾ തയാറാക്കി. ഒപ്പം, വൃക്ഷത്തിൻ്റെ വളർച്ചയുടെ വിവിധ ഘട്ടങ്ങൾക്ക് അനുയോജ്യമായ പേരുകൾ അവർ നൽകുകയും ചെയ്തു. മുസ്ലിം സസ്യശാസ്ത്രജ്ഞരുടെ ആധികാരികമായ കണ്ടെത്തലുകളും നിഗമനങ്ങളും ചേർത്തുവെച്ച്, സമകാലീനരായഎഴുത്തുകാരുടെ സഹായത്തോടെ അനേകം കൃതികൾ വിരചിതമായി. ഇതിൽ പല എഴുത്തുകളും കാലഹരണപ്പെട്ടു പോയെങ്കിലും സസ്യശാഖയിൽ മധ്യകാലത്ത് ക്രോഡീകൃതമായ പൊതുതത്വങ്ങൾ പിഴവു പറ്റാതെ നിലനിന്നുപോന്നിരുന്നു . 
ഇസ്ലാമിന്റെ സന്ദേശം ലോകത്ത് ഏറെ പ്രചാരം നേടിക്കൊണ്ടിരിക്കുന്ന കാലമായിരുന്നു അത്. കൂടാതെ, മധ്യേഷ്യയിൽ നിന്നും  ഇന്ത്യ, ചൈന, ആഫ്രിക്ക എന്നിവിടങ്ങളിലേക്കുള്ള കച്ചവട യാത്രകൾ അധികരിച്ച സമയവും . ഈ രണ്ടു കാരണങ്ങൾ മൂലം അറബികൾ രൂപപ്പെടുത്തിയ സസ്യശാഖയുടെ തത്വസംഹിതകൾ വൻകരകൾ കടന്ന് വ്യാപിച്ചു. തൽഫലമായി, ചെടിയുടെ സംജ്ഞാന നിഘണ്ടുവിലേക്ക് ധാരാളം അറബി പദങ്ങൾ ചേർക്കപ്പെട്ടു.
അക്കാലത്ത് ശാസ്ത്രേതരമായ പല മാർഗങ്ങളിലൂടെയും സസ്യശാഖ ലോകത്തിന്റെ ശ്രദ്ധ പിടിച്ചുപറ്റാൻ തുടങ്ങി. അതാവട്ടെ , ഭൂരിഭാഗവും ഗ്രന്ഥങ്ങളിലൂടെയായിരുന്നു. അറബി ഭാഷയുടെ വ്യാകരണ ഘടനകൾ ശാസ്ത്രത്തെ വിവരിക്കുന്നിടത്തേക്ക് കൊണ്ടുവന്നത് ഇബ്നു ഹജ്ജാജാണ്. വൃക്ഷങ്ങളിലെ വിചിത്രമായ ആകാരഭംഗിയെക്കുറിച്ച് അൽ ജാഹിസും ഇബ്നു ഖുതൈബയും തങ്ങളുടെ സാഹിത്യകൃതികളിൽ നിരന്തരം വർണിച്ചു. ശാസ്ത്രരംഗത്ത്, രോഗ സംഹാരികളിൽ ഉപയോഗിക്കപ്പെടുന്ന ചെടികളെ വിസ്തരിക്കുന്ന ഭാഗങ്ങൾ ജാബിർ ബിൻ ഹയ്യാൻ പ്രസിദ്ധമായ തന്റെ രസതന്ത്ര ഗ്രന്ഥസമൂഹങ്ങളിൽ ഉൾപ്പെടുത്തി. ബോട്ടണിയിൽ ഏറെ തൽപരനായിരുന്ന ഇസ്‌ലാമിക സ്പെയിനിലെ  പ്രഖ്യാതനായ സൈദ്ധാന്തികൻ ഇബ്നു ബജ്ജ മരങ്ങളുടെ ജീവശാസ്ത്രത്തെ കുറിച്ച് ബൃഹത്തായ ഒരു ഗ്രന്ഥമെഴുതി. ചെടിയുടെ ധർമങ്ങളും അതിൻറെ വൈവിധ്യങ്ങളും ‘കിതാബുന്നബാത്’ എന്ന കൃതിയിൽ അദ്ദേഹം വിശദമാക്കുന്നുണ്ട്. പൂർണ്ണം, അപൂർണ്ണം എന്നിങ്ങനെ ചെടികളെ ഗ്രന്ഥം രണ്ടായി തരം തരംതിരിക്കുന്നു. സസ്യങ്ങളുടെ പ്രത്യുല്പാദന ആവൃത്തിയെക്കുറിച്ചും ഇതിൽപരാമർശിക്കുന്നുണ്ട്.
മണ്ണിൻറെ സ്വഭാവത്തിനും ഭൂപ്രകൃതിയുടെ രൂപമാറ്റത്തിനും സസ്യം വിധേയപ്പെട്ടിരിക്കുന്നുവെന്ന് മുസ്‌ലിം പണ്ഡിതർക്ക് ഉറച്ച ബോധ്യമുണ്ടായിരുന്നു. അത്തരുണത്തിൽ, മരങ്ങളെ അവയുടെ ആവാസ മേഖലകൾക്കനുസരിച്ച് വേർതിരിക്കാൻ അവർ ഒരുങ്ങി. വിജനഭൂമികളിലും പർവതങ്ങളിലും മഴക്കാടുകളിലും പീഡഭൂമികളിലും വളരുന്ന സസ്യങ്ങളെ ശാസ്ത്രജ്ഞർ വിവിധ വർഗങ്ങളാക്കി. കൗതുകകരമായ കാര്യം, കരയിലും കടലിലും കാണുന്ന ഏത് ചെടിയുടെ വാസസ്ഥാനവും ഒറ്റനോട്ടത്തിൽ തിരിച്ചറിയാൻ പ്രാപ്തരായവർ അന്തലൂസിലെ നാട്ടിൻപുറങ്ങളിൽ അന്ന് ജീവിച്ചിരുന്നുവെന്നതാണ്.
സസ്യ ശാസ്ത്രത്തെ ജീവിതത്തിൻറെ മറ്റു മേഖലകളുമായി തുലനം ചെയ്തു അവതരിപ്പിക്കുന്ന സമ്പ്രദായം അക്കാലത്തേ നിലനിന്നിരുന്നു. വിശ്വാസ പ്രമാണങ്ങളിലും ഇതേ പ്രവണത കാണാം. സ്രഷ്ടാവിൻ്റെ സാമർഥ്യത്തെ പരിചയപ്പെടുത്താനായി ഈ ശാഖയെ പലരും ഉപയോഗിച്ചിരുന്നു; ഇമാം ഗസ്സാലി അൽ ഹിക്മയിൽ വിശദീകരിച്ച പോലെ. ഇബ്നു നഫീസിൻ്റെ രിസാലതുൽ കാമിലിയ്യ മറ്റൊരു ഉദാഹരണമാണ്. വിത്തിൽ നിന്നും ചെടിയുടെ വ്യത്യസ്ത ഭാഗങ്ങൾ ഉരുവം കൊള്ളുന്നതിനെ രിസാല: സൂക്ഷ്മമായി നിരീക്ഷിക്കുന്നുണ്ട്. മധ്യകാലത്തെ താത്വികർ ബോട്ടണിക്ക് നൽകിയത് കനപ്പെട്ട സംഭാവനകളാണ്. സസ്യ ശാസത്രത്തിലെ  സ്പീഷീസ് എന്ന സങ്കല്പം, ഒരു നിശ്ചിത മേഖലയിലുള്ള സസ്യസമൂഹം സ്ഥിരമോ അസ്ഥിരമോ എന്ന് നിർണ്ണയപ്പെടുത്തൽ, കൃത്രിമമായോ യാദൃശ്ചികമായോ   ഉണ്ടാകാവുന്ന പ്രത്യുത്പാദനം, ചെടിയുടെ ഉണർവ്വും ബോധവും, വിവിധ ഭാഗങ്ങളുടെ വിഭിന്നമായ പ്രവൃത്തികൾ തുടങ്ങി ബോട്ടണിയിൽ നാം പ്രാഥമികമായി അറിഞ്ഞിരിക്കേണ്ട കാര്യങ്ങളല്ലൊം താത്വികരുടെ ചിന്തകളുടെയും പരീക്ഷണങ്ങളുടെയും ശ്രമഫലമാണ്.

സഞ്ചാരികളെ ആകർഷിച്ച സസ്യങ്ങൾ

സഞ്ചാര സാഹിത്യം വലിയ പരിഷ്കാരങ്ങളാണ് ബോട്ടണിയിൽ കൊണ്ടുവന്നത്.മുസ്‌ലിം യാത്രികർ വലിയൊരളവിൽ പ്രകൃതിയിലേക്കും സസ്യ ഇനങ്ങളിലേക്കും മാലോകരുടെ ശ്രദ്ധ ക്ഷണിച്ചു. അവരുടെ എഴുത്തുകൾ അമൂല്യമായ സാഹിത്യ പൈതൃകങ്ങളുടെ ശേഖരമായി മാറി. സസ്യ ശാസ്ത്രത്തിലെ മറ്റുള്ള സുപ്രധാന രേഖകൾക്കൊപ്പം, ഇവരുടെ ഗ്രന്ഥങ്ങൾ വിസ്തീർണ്ണമായ ഭൂമിയുടെ സമഗ്രവും വ്യവസ്ഥാപിതവുമായ ബൊട്ടാണിക്കൽ സർവ്വേ ആയി വർത്തിച്ചു. കൊർദോവയിലെ ഭൗതിക തന്ത്രജ്ഞനായ അൽ ഗാഫിഖിയുടെ വടക്കൻ ആഫ്രിക്കയിലൂടെയുള്ള  സഞ്ചാരത്തിനിടയിൽ ശേഖരിച്ച സസ്യങ്ങളുടെ പേരുകൾ അറബിയിലും ലാറ്റിൻ ഭാഷയിലും കൃത്യമായി രേഖപ്പെടുത്തുന്നുണ്ട്. ലോക സഞ്ചാരിയായിരുന്ന ഇബ്നു ബത്തൂത്ത ഇസ്ഫഹാൻ പഴവർഗ്ഗങ്ങളെ പറ്റിയും ഇന്ത്യയിലെ പഴം കായ്ക്കുന്ന മരങ്ങളെ പറ്റിയും അദ്ദേഹത്തിൻറെ ‘രിഹ്ല’യിൽ പരാമർശിക്കുന്നു. കറുവപ്പട്ടയാണ് മലബാറിൽ അദ്ദേഹത്തെ ഹഠാദാകർഷിച്ചത്. മാലിദ്വീപിലെ പനയും ജാവയിലെ കർപ്പൂരവും അദ്ദേഹത്തിൻറെ പുസ്തകത്തിൽ ഇടംപിടിച്ചിട്ടുണ്ട്.  

സസ്യ-വൈദ്യസമവാക്യങ്ങൾ

മധ്യകാലത്ത് ചെടികളെ കൂടുതൽ ഉപയോഗപ്പെടുത്തിയിരുന്നത് ഔഷധ നിർമ്മാണത്തിനു വേണ്ടിയായിരുന്നു. ഈജിപ്തിൽ പ്രത്യേകിച്ചും ഇതര നാടുകളിൽ പൊതുവായും ഔഷധികൾ മുഖേന രോഗങ്ങൾക്ക് ചികിത്സ തേടുന്ന സമ്പ്രദായം നൂറ്റാണ്ടുകളായി തുടർന്നുപോന്നു. മരുന്നു വ്യാപാരത്തിനുള്ള ആവശ്യങ്ങൾക്കായി സസ്യ നിയമസംഹിതകൾ ആദ്യം ആവിഷ്കരിച്ചത് അബുൽ അബ്ബാസ്എന്ന സെവിയ്യയിലെ ബോട്ടണിസ്റ്റായിരുന്നു. ഒമ്പതാം നൂറ്റാണ്ടിൽ ജീവിച്ച അൽ ദിനാവരി മുസ്ലിം ബോട്ടണിയുടെ പിതാവായി അറിയപ്പെട്ടു സസ്യങ്ങളെ പറ്റിയുള്ള കാവ്യസമാഹാരമായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിൻറെ കൃതികൾ. രചനയിലെ കാവ്യാത്മകത പക്ഷേ ചെടിയെ കുറിച്ചുള്ള സുപ്രധാനമായ തത്വങ്ങളെ പറയുന്നതിൽ നിന്നും അദ്ദേഹത്തെ വിലക്കിയില്ല. 
പണ്ഡിത വിജ്ഞരായ അൽ കിന്തിയും അത്വബ്‌രിയും ദിനാവരിയുടെ മുൻഗാമികളാണ്. ത്വബ്രിയുടെ ബൃഹദ് രചനയായ “ഫിർദൗസുൽ ഹിക്മ”യുടെ നല്ലൊരുഭാഗവും അദ്ദേഹം ബോട്ടണിക്കു വേണ്ടി മാറ്റിവെച്ചു. അൽ കിന്തിയാകട്ടെ, ഔഷധസസ്യങ്ങളുടെ പ്രയോഗവൽക്കരണത്തിനനു നിർണായകമായ പങ്കുവഹിച്ചു.